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バイオディーゼルの正式名称は『バイオディーゼルフューエル』と言い、生物由来油から製造されるディーゼルエンジン用燃料の総称になります。時にはBio Diesel Fuel（バイオディーゼルフューエル）の頭文字をとってBDFと略して呼ばれることもあります。 また、これはバイオマスエネルギー（バイオエネルギー）の1種でもあり、現段階では化学的な定義はありません。
原料は、植物油（菜種油、パーム油、オリーブ油、ひまわり油、大豆油、コメ油など）、獣脂（魚油、牛脂など）及び、廃食用油（天ぷら油など）で、欧州においては菜種油、北米・南米では大豆油、東南アジアではパーム油やココナッツ油を主に使用しています。
また、油脂からエステル交換を用いグリセリンを排除した上で、粘度を下げるなどの化学処理を行ったものがディーゼルエンジンに使用出来るのです。
燃料としては100%バイオディーゼルか、軽油と一定の割合で混合して使用します。
しかし、気温が低いと粘度が高くなる為、冬にはバイオディーゼル燃料100%にすると、エンジン内で固まってしまう恐れがありますので注意してください。
経済産業省、農林水産省、国土交通省、環境省による調査でも、『ニート』（100%バイオディーゼル）を既存の自動車に使用した場合の問題発生、及び車両側の対策を余儀なくされた事例を報告しています。 現在では、国土交通省がニートに対応出来る車を開発しているそうです。
軽油中のFAME含有量は5.0質量％以下という品質保持の法律に基いて販売されています。燃料価格としては軽油より若干高い程度だそうです。
尚、バイオディーゼル燃料を使用した場合、燃料フィルターが詰まったというトラブル報告がありますので、そのような事態を防ぐ為に燃料フィルターは交換されておいた方が良いかもしれません。 加えて、この燃料は軽油に比べて以下の欠点が挙げられています。
・ゴム、樹脂が膨張、劣化し易い。
・熱影響で、酸、スラッジ（固まり）が発生し、品質劣化し易い。
・酸化し易い（原料：菜種油、ひまわり油、コメ油の場合）
・低温の時、スラッジが発生し易い(原料：パーム油、ココナッツ油、牛脂の場合）
・低温でスラッジ発生率が低い代わりに、熱では発生し易い（原料：魚油の場合）
・精製時、グリセリン除去が不十分であり、トリグリセリド（原料油脂）が残っていた場合、エンジンへの影響、フィルターが詰まる可能性がある。
・メタノール除去が不十分な場合、金属腐食の可能性がある。
ちなみに、ルドルフ・ディーゼル（ディーゼルエンジンの発明者）は、ピーナッツ油を用いたディーゼルエンジンを1900年に発表しました。